A igreja primitiva afundada no lodo

As margens do rio Mondego são constituídas por terrenos de aluvião, inundando periodicamente.

Os terrenos não resistiram à pressão do edifício em pedra e ele afundou-se lentamente. Hoje, a base do mosteiro está a uma cota inferior à do Mondego e é necessário um sistema de bombagem para retirar a água que se acumula por escorrência.